Den ville ørkenrotta har fargen Golden Agouti, og den er også den mest vanlige hos tamme ørkenrotter. Dette fordi denne fargen er den mest dominante. Hvis man avler med en ørkenrotte med denne fargen, vil flesteparten av avkommet bli Golden Agouti, uavhengig av hvilken farge avlspartneren har. Ved naturlige mutasjoner har det fra tid til annen dukket opp andre farger. Disse har blitt avlet videre på, noe som har resultert i de mange fargene vi nå har på tamme ørkenrotter.

Spotted, som betyr flekket, er et "ekstra-gen" som virker i tillegg til genkoden for fargen. Flekkene som oppstår vil være hvite og kan variere fra kun en liten flekk på hodet til store og mange flekker over hele kroppen. Spotted-genets eneste virkning på fargen er at den lysner den litt. I prinsippet kan alle farger få flekker, så når man oppgir genkoden for et dyr, har man spotted-genet (Sp) med kun når det er i sin dominante form. En ørkenrotte uten flekker vil alltid ha spsp, mens en med flekker alltid har Spsp. En dobbel dominant, SpSp, finnes ikke, fordi fostre med denne kombinasjonen ikke vil være levedyktige og vil bli absorbert av mors kropp.

Ørkenrotter er såpass lite utbredt i Norge at det ennå ikke finnes noen offisielle norske navn og uttrykk når det gjelder farger. Derfor har jeg brukt de engelske navnene på fargene.